Bioinformatics18 엑셀 : 표준편차, 상대표준편차, 표준오차 *표준편차(SD : Standard Deviation) 표준편차(標準偏差)는자료의 산포도를 나타내는 수치로, 분산의 제곱근으로 정의되며 표준 편차가 작을수록 평균값에서 변량들의 거리가 가깝다. 일반적으로 모집단의 표준편차는 σ(시그마)로, 표본의 표준편차는 S(에스)로 나타낸다. http://blog.naver.com/thegoldman/30067191786 =stdev(범위) *상대표준편차(RSD : Relative Standard Deviation) 상대표준편차란 표준편차를 평균으로 나눈 후 100을 곱한 수치로서 변동계수(CV : Coefficient of Variability)라고도 한다. 즉, 상대표준편차가 크다는 것은 표준편차가 평균에 비해 상대적으로 크다는 의미이므로 산포도가 큼을 의미하고 .. 2011. 11. 2. VGAM(vector generalized additive models) Error in library(VGAM) : there is no package called 'VGAM' $sudo apt-get install r-cran-vgam 관련글 : http://goo.gl/2LXlK 2011. 9. 29. How to install pasha on Ubuntu 11.04 Parallelized short read assembly of large genomes using de Bruijn graphs(link) 1. Download pasha : http://goo.gl/p8CK 2. Install TBB(Intel Threading Building Blocks) $ sudo apt-get install libtbb* 3. make 4. When error message show: In file included from Alsha.h:29, from KmerGen.cpp:2: ../google/sparse_hash_set:98:60: error: ext/hash_fun.h: No such file or directory make[1]: *** [../objs/KmerGe.. 2011. 9. 5. 우분투에 galaxy 설치하기 (참조 : http://wiki.g2.bx.psu.edu/Admin/Get%20Galaxy) 1. galaxy를 설치할 디렉토리를 생성 $ mkdir galaxy-python 2. python 바로가기를 설정 $ ln -s /usr/bin/python ~/galaxy-python/python 3. galaxy를 설치할 디렉토리를 경로에 추가 $ export PATH=~/galaxy-python:$PATH 4. galaxy 프로그램은 hg 명령을 통해 소스를 받아올 수 있다. 따라서 hg관련 프로그램을 설치해야 한다. 관련 사이트 : http://mercurial.selenic.com/wiki/ 간단하게 repository를 추가하여 설치 $ sudo apt-add-repository ppa:mercuri.. 2011. 8. 5. How to install Velvet on UBUNTU Velvet : Sequence assembler for very short reads $ sudo apt-get install zlib1g-dev texlive-latex-base $ cd /to/velvet $ make 'VELVET_DIR=/share/velvet' 'MAXKMERLENGTH=96' 'LONGSEQUENCES=1' 'CATEGORIES=96' 'BIGASSEMBLY=1' 'OPENMP=1' $ cd /to/oases $ make 'VELVET_DIR=/share/velvet' 'MAXKMERLENGTH=96' 'LONGSEQUENCES=1' $ /etc/profile에 경로를 추가한다. $ velveth, velvetg, oases 실행 2011. 6. 2. BLAST Tabular Output queryId, subjectId, percIdentity, alnLength, mismatchCount, gapOpenCount, queryStart, queryEnd, subjectStart, subjectEnd, eVal, bitScore 2010. 9. 2. 이전 1 2 3 다음