Bioinformatics3 usage bwa using paired-end reads make reference index/home/galaxy/galaxy-dist/bin/bwa index -p 454.bwa.index -a bwtsw assembly1/454AllContigs.fna paired-end alignment/home/galaxy/galaxy-dist/bin/bwa aln 454.bwa.index -I denovo/Gal_trim1.fastq > Gal_trim1.bwa.aln.sai/home/galaxy/galaxy-dist/bin/bwa aln 454.bwa.index -I denovo/Gal_trim2.fastq > Gal_trim2.bwa.aln.sai/home/galaxy/galaxy-dist/bin/bwa sampe 454.bwa.index Gal_trim1.bw.. 2012. 4. 5. Promoter 지역에서 특정 motif 찾기 Extract Description $ grep -f TATATA.uniq.OsID /home/kimth/data/ggbio/databases/IRGSP/RAP2/gff_RAP2/RAP2.desc.txt $ while read OsID; do grep $OsID /home/kimth/data/ggbio/databases/IRGSP/RAP2/gff_RAP2/RAP2.desc.txt; done TATATA.desc.txt Extract Unique Sequence ID with Sequence $ grep Forward ATATAT.txt | cut -f1,7 | sort | uniq > TATATA.2k.txt Extract matching position $ cut .. 2012. 2. 20. 우분투에 galaxy 설치하기 (참조 : http://wiki.g2.bx.psu.edu/Admin/Get%20Galaxy) 1. galaxy를 설치할 디렉토리를 생성 $ mkdir galaxy-python 2. python 바로가기를 설정 $ ln -s /usr/bin/python ~/galaxy-python/python 3. galaxy를 설치할 디렉토리를 경로에 추가 $ export PATH=~/galaxy-python:$PATH 4. galaxy 프로그램은 hg 명령을 통해 소스를 받아올 수 있다. 따라서 hg관련 프로그램을 설치해야 한다. 관련 사이트 : http://mercurial.selenic.com/wiki/ 간단하게 repository를 추가하여 설치 $ sudo apt-add-repository ppa:mercuri.. 2011. 8. 5. 이전 1 다음