ubuntu37 Installing SGA(String Graph Assembler) on Ubuntu 10.04 Server(64bit) SGA dependencies: -google sparse hash library (http://code.google.com/p/google-sparsehash/) $ wget http://sparsehash.googlecode.com/files/sparsehash_2.0-1_amd64.deb $ sudo dpkg -i sparsehash_2.0-1_amd64.deb -the bamtools library (https://github.com/pezmaster31/bamtools) $ git clone git://github.com/pezmaster31/bamtools.git $ sudo apt-get install cmake (Skip if cmake exists) $ cmake --version (ve.. 2012. 2. 15. 파일내에 있는 특정 단어를 교체 파일 내에 있는 문자중 A를 B로 모두 바꿈. for file in $(ls) do filename=$(basename $file .old) echo $filename sed -e 's/A/B/g' $file > $filename done 2012. 2. 14. ABySS 사용시 주의점 k-mer 값을 정하는 것이 중요..k-mer 값에 의해 프로그램이 실행되거나 아님 중간에 오류가 발생할 수 있다. read의 길이를 고려해서 k-mer를 정해야함. http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/abyss 2012. 2. 9. Access denied for user 'root'@'' (using password: YES) 1. 사용자의 암호를 확인한다. 모를 경우 암호를 변경(root 권한으로 로그인 해야함) update user set password=PASSWORD("z4bb1x") where User='zabbix'; 2. 데이터베이스에 대한 접근 권한을 바꾼다. GRANT ALL ON db1.* TO 'jeffrey'@'localhost'; 3. 권한 변경한 내용을 적용한다. flush privileges; 2012. 1. 31. make directory using date command $ mkdir result_$(date +"%Y-%m-%d") 2012. 1. 7. subtoal using awk $ cut -f1,5 result.txt | awk -F, '{a[$1] += 1} END{for (i in a) print i"\t"a[i]}' > cnt.txt 2012. 1. 4. 이전 1 2 3 4 5 6 7 다음