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How to install pasha on Ubuntu 11.04 Parallelized short read assembly of large genomes using de Bruijn graphs(link) 1. Download pasha : http://goo.gl/p8CK 2. Install TBB(Intel Threading Building Blocks) $ sudo apt-get install libtbb* 3. make 4. When error message show: In file included from Alsha.h:29, from KmerGen.cpp:2: ../google/sparse_hash_set:98:60: error: ext/hash_fun.h: No such file or directory make[1]: *** [../objs/KmerGe.. 2011. 9. 5.
Using tw_cli from 3Ware $tw_cli //3ware>info /c0 //3ware>/c0 show //3ware>/c0/u0 start verify //3ware>/c0/u0 start rebuild disk=1 2011. 8. 10.
우분투에 galaxy 설치하기 (참조 : http://wiki.g2.bx.psu.edu/Admin/Get%20Galaxy) 1. galaxy를 설치할 디렉토리를 생성 $ mkdir galaxy-python 2. python 바로가기를 설정 $ ln -s /usr/bin/python ~/galaxy-python/python 3. galaxy를 설치할 디렉토리를 경로에 추가 $ export PATH=~/galaxy-python:$PATH 4. galaxy 프로그램은 hg 명령을 통해 소스를 받아올 수 있다. 따라서 hg관련 프로그램을 설치해야 한다. 관련 사이트 : http://mercurial.selenic.com/wiki/ 간단하게 repository를 추가하여 설치 $ sudo apt-add-repository ppa:mercuri.. 2011. 8. 5.
ssh 접속이 느릴경우... 이유는 잘 모르겠다만...UseDNS no를 넣어주니 빨라진다... 아마도 SSH Server가 DNS Server를 이용하지 않고 클라이언트를 인식하는 것 같다.. 메뉴얼을 좀 더 읽어봐야겠다...흠.... 2011. 6. 30.
우분투에서 sun java 설치하기 sudo add-apt-repository "deb http://archive.canonical.com/ubuntu lucid partner" sudo apt-get install sun-java6-jdk sun-java6-jre sun-java6-plugin 여러개의 java가 설치되어 있는 경우 java 선택 sudo update-alternatives --config java sun에서 배포하는 java를 설치해야하는 이유는 eclipse plugin 설치시 오류 발생. 2011. 6. 3.
How to install Velvet on UBUNTU Velvet : Sequence assembler for very short reads $ sudo apt-get install zlib1g-dev texlive-latex-base $ cd /to/velvet $ make 'VELVET_DIR=/share/velvet' 'MAXKMERLENGTH=96' 'LONGSEQUENCES=1' 'CATEGORIES=96' 'BIGASSEMBLY=1' 'OPENMP=1' $ cd /to/oases $ make 'VELVET_DIR=/share/velvet' 'MAXKMERLENGTH=96' 'LONGSEQUENCES=1' $ /etc/profile에 경로를 추가한다. $ velveth, velvetg, oases 실행 2011. 6. 2.

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