how to blast to nr database

1. 다운받은 시퀀스를 seq.fa 파일에 모두 모아 blastall의 blastx 하였음.
   $ blastall -i seq.fa -d /home/galaxy/blastdb/nr/nr -p blastx -a 16 -e 1e-10 -m 8 -o seq.fa.blastx 2> error.log &
   
   
2. blast된 결과중에 1st만 뽑음
   $ /share/scripts/1st_highest.sh seq.fa.blastx > seq.fa.blastx.1st
   
   
3. 1st 결과에 description 붙임.
   $ /share/scripts/add_desc.sh -i seq.fa.blastx.1st -d ~/blastdb/nr/nr > seq.fa.blastx.1st.desc
   
   
4. description붙은 결과에서 ADGAL, pGAD를 grep으로 뽑아냄.
   $ grep ADGAL seq.fa.blastx.1st.desc > seq.fa.blastx.1st.desc.ADGAL
   
   
5. 위에 blast한 결과는 헤더가 없기 때문에 에디터에서 아래의 것을 붙여줌.(탭으로 구분)
   queryId subjectId   percIdentity    alnLength   mismatchCount   gapOpenCount    queryStart  queryEnd    subjectStart    subjectEnd  eVal    bitScore    Descripition